În 1841, pentru a comemora cincisprezecea aniversare a morții lui Wolfgang Amadé Mozart, un grup de cetățeni de clasă mijlocie au fondat Asociația de muzică a catedralei și Mozarteum. Prin aceasta au intenționat să dea un plus de viață vieții muzicale din Salzburg prin organizarea de concerte și, de asemenea, au dorit să se asigure că există suficienți instrumentiști tineri pentru serviciile bisericii din Catedrala din Salzburg. În 1870 a fost fondată Fundația Internațională Mozarteum pentru a încuraja tinerii muzicieni talentați, iar în 1881 a preluat Școala Publică de Muzică Mozarteum.


În 1914, Mozarteum a fost recunoscut drept conservator în dreptul public; în 1922 a fost naționalizată din motive financiare, iar în 1939 a fost transformată în Reichshochschule Mozarteum. La sfârșitul celui de-al Doilea Război Mondial, Mozarteum a fost continuat temporar sub titlul „Liceul de muzică”. În 1953, Liceul de Muzică a devenit o academie și din 1970 a fost cunoscută sub numele de Mozarteum Academy of Music and Performing Art din Salzburg. În 1998, ca urmare a reformei universităților austriece, fosta academie de muzică a devenit acum renumita Mozarteum Universität Salzburg.