Nel 1856, il 100 ° anniversario della nascita di Mozart, l'associazione è stata fondata con l'obiettivo di creare una scuola di musica, con una biblioteca, archivi e sala da concerto, dedicato a Mozart. Vari edifici nella zona interna della città di Salisburgo sono state esaminate e alla fine si è deciso di acquistare la villa dell'ex ministro degli interni, Josef von Lasser, nel Schwarzstrasse. Lavoro di conversione ha avuto luogo 1910-1914 secondo i piani elaborati da Richard Berndl. Lo stile prevalente è storicismo caratteristico ritardo di Monaco di Baviera, e dettagli eleganti sono stati combinati con elementi della tradizione barocca locale, art nouveau e patriottica edificio art. Nel 1917 il consiglio di amministrazione della Fondazione Internazionale Mozarteum eletto Bernhard Paumgartner unanimemente come direttore di quello che era a quel tempo un giardino d'inverno. Questo è diventato successivamente un'accademia e poi l'Accademia Mozarteum di Musica e Arte Drammatica, e nel frattempo ha raggiunto lo status di università. Durante il periodo in cui Paumgartner stato direttore, questo istituto educativo vissuto un grande boom: in particolare le diverse produzioni di musica-teatro si è svolta in collegamento con il "Mozarteum Opera Series" e fu grazie alla sua iniziativa che queste performance ha avuto luogo nella città di Salisburgo Teatro (ora il Landestheater). 

I problemi finanziari della Fondazione Internazionale Mozarteum sono stati compensati dalla nazionalizzazione della parte didattica del lavoro della fondazione nel 1922 con il risultato che al giorno d'oggi esistono due organi completamente separati. L'Università Mozarteum nel frattempo ha spostato la maggior parte dei suoi servizi nel proprio edificio sulla Mirabellplatz. 

La Fondazione Internazionale Mozarteum ha collaborato strettamente con il Festival di Salisburgo sempre dal 1921: la Sala Grande del Mozarteum è una delle principali sedi della serie di concerti soprattutto perché è eccellente per l'esecuzione di musica da camera. I Mozart matinée, concerti mattutini formulato il fine settimana durante il Festival di Salisburgo, sono stati introdotti da Bernhard Paumgartner e hanno nel frattempo ha assunto lo status leggendario. Nel 1930 si sono svolti i primi corsi per la conduzione e strumenti musicali e questa iniziativa più tardi divenne l'Accademia Estiva Internazionale del Mozarteum. Ogni anno rinomati docenti si riuniscono con gli studenti di musica entusiasti provenienti da tutto il mondo di entrare in un dialogo artistico vivace.